Исполнительным органом ГБОУ Школа № 56 им. ак. В.А.Легасова является его Директор

Управление осуществляется в соответствии с федеральными законами, законами и иными нормативными правовыми актами города Москвы и настоящим Уставом на принципах единоначалия и самоуправления.

Органами самоуправления являются: Управляющий совет, Педагогический совет, Общее собрание работников.

Управляющий совет – коллегиальный орган, наделенный полномочиями по осуществлению управленческих функций в соответствии с Уставом.

Председатель - Басюк Виктор Стефанович.

Педагогический совет является постоянно действующим органом самоуправления ГБОУ Школа № 56 им. ак. В.А.Легасова, который создается для рассмотрения основных вопросов образовательного процесса. Членами Педагогического совета являются все педагогические работники ГБОУ Школа № 56 им. ак. В.А.Легасова, а также иные работники, чья деятельность связана с содержанием и организацией образовательного процесса. Председателем Педагогического совета является Директор ГБОУ Школа № 56 им. ак. В.А.Легасова.

Общее собрание сотрудников является одним из коллегиальных органов управления ГБОУ Школа № 56 имени академика В.А. Легасова. Общее собрание работников формируется из числа всех работников ГБОУ Школа № 56 имени академика В.А. Легасова.  Деятельность Общего собрания сотрудников направлена на решение следующих задач: выработка коллективных решений для осуществления единства действий работников ГБОУ Школа № 56 имени академика В.А. Легасова; объединение усилий работников ГБОУ Школа № 56 имени академика В.А. Легасова на повышение эффективности образовательной деятельности, на укрепление и развитие материально-технической базы Учреждения.